Năm 1669, sau khi diệt trừ Ngao Bái và nắm đại quyền, Khang Hy đã phế trừ những thay đổi của Ngao Bái, nhưng vẫn duy trì Nghị chính xứ như một cơ quan cố vấn trong các vấn đề quân sự lẫn dân sự, đặc biệt là các vấn đề nhạy cảm hoặc quá phức tạp đối với cơ cấu quan liêu chính thức.[31] Khang Hy cũng bổ sung chức quan Đô ngự sử để kiểm soát Nghị chính xứ. Sau năm 1681, khi đã bình định được Loạn Tam phiên, khôi phục khống chế toàn quốc, Khang Hy đã quyết định các Đô thống Bát Kỳ sẽ không tự động trở thành Nghị chính đại thần.[26] Từ đó về sau, Nghị chính xứ chỉ đơn thuần chăm lo về vấn đề dân sự.[26] Tuy nhiên, trong chiến dịch bình định Chuẩn Cát Nhĩ (1687-1697), Khang Hy thường tham vấn với Nghị chính xứ trong các vấn đề quan hệ với bộ tộc Chuẩn Cát Nhĩ cũng như với đối thủ của họ là bộ tộc Khách Nhĩ Khách.[32] Trong suốt thời kỳ Khang Hy, các kiến nghị của Nghị chính xứ thường được ông nghe theo.[33]